第42回総会期（2024-2026）主題
「キリストよ、あなたの和解の命に、わたしたちをあずからせてください」
聖句「神は、キリストを通してわたしたちをご自分と和解させ、また和解のために奉仕する任務をわたしたちにお授けになりました。」（コリントの信徒への手紙二5：18 新共同訳）
NCC設立の経緯
日本のプロテスタント教界の並列的なつながりと海外の教会との窓口として1923年に日本基督教連盟が設立されました。国家の宗教政策の下で1941年日本基督教団が設立されると共に解散しました。これがＮＣＣの前身ですが、この日本基督教連盟は戦後日本基督教団から旧教派の教会が離脱することによって再び国内の教会間の連絡役と海外の教会との窓口が必要になり、１９４８年５月日本基督教協議会（後に日本キリスト教協議会）が出来ました。ＮＣＣは2018年に設立70週年を迎えました。
NCCの特色
NCCは、教会だけの集まりでなく、教会（教団）とキリスト教関係団体を含んでいます。世界の多くのＮＣＣが「教会協議会」と呼んでいるのに対して日本のＮＣＣは「キリスト教協議会」と呼びます。キリスト教（者）が少数者である社会の中で、教会・キリスト教関係団体が共に宣教の課題を担っていくことを目ざしています。
NCCの基本姿勢
１．NCCは、日本国家によるアジア・太平洋地域への侵略戦争に協力した日本基督教連盟から続く過去の歴史を自らのものとして受け止め、神とアジア・太平洋地域の人々になした罪責を告白し、正義と信頼に基づいた平和な関係を築く努力を続けます。
２．弱くされた人々、苦しみにある人々との「いのちの痛みに」共感する生き方を求めていきます。