NCCは以下の教派・団体によって構成されています。(順不同)
■加盟教会・教団
日本基督教団 http://uccj.org/
日本聖公会 http://www.nskk.org/
日本福音ルーテル教会 http://www.jelc.or.jp/
日本バプテスト連盟 http://www.bapren.jp/
日本バプテスト同盟 http://www.jbu.or.jp/
在日大韓基督教会http://kccj.jp/

■加盟団体
日本YMCA同盟http://www.ymcajapan.org/
日本YWCA http://www.ywca.or.jp/
日本キリスト教婦人矯風会http://kyoufukai.jp/
日本キリスト者医科連盟(JCMA)http://japan-cma.net/
日本聖書協会http://www.bible.or.jp/index.html
日本キリスト教文化協会http://www.bunka-kyokai.or.jp/
キリスト保育連盟http://kihoren.com/
キリスト教視覚聴覚センター(AVACO)http://www.avaco.info/

■准加盟教団・団体
キリスト者政治連盟
基督教イースト・エイジャ・ミッションhttp://www.tomisaka.jp/
日本友和会http://www.jfor.jp/
日本自由メソヂスト教団http://blog.livedoor.jp/methodist_free/
東京聖書集会
アジア保健研修所(AHI)http://www.ahi-japan.jp/
日本クリスチャンアカデミーhttp://www.academy-nippon.com/
日本盲人キリスト教伝道協議会http://www5e.biglobe.ne.jp/~moden/
国際基督教団http://www.yoyogi-church.jp/
ドイツ語福音教会http://www.kreuzkirche-tokyo.jp/
キリスト友会日本年会
ICU教会http://www.icuchurch.com/
東京ユニオンチャーチhttp://www.tokyounion.org/
神戸ユニオンチャーチhttp://www.kobeunionchurch.com/
ウエスト東京ユニオンチャーチhttp://www.wtuc.net/
横浜ユニオンチャーチhttp://www.yokohamaunionchurch.org/